蚌埠医科大学药学院始建于2000年，2016年更名药学院，2025年原公共基础学院部分机构并入药学院。2001年开始招收药学专业本科生，2002年获批药理学专业硕士学位授权点，2008年被评为省级药学特色专业建设点，2017年获批药学一级学科硕士学位授权点和药学专业学位授权点，2020年获批生物与医药专业学位授权点。现有药学、药物分析、临床药学三个理科专业和制药工程、食品质量与安全两个工科专业，是安徽省药学专业技术人员继续教育基地和卓越药学专业人才教育培养计划建设项目单位。拥有国家药物临床试验机构I期临床研究室、安徽省生化药物工程技术研究中心、药学博士后岗位，2013年获批安徽省生化药物产业技术创新战略联盟理事长单位。2016年获安徽省教学成果一等奖一项，2018年通过安徽省药学专业综合评估，2019年药学专业获批省级一流专业，2022年，制药工程专业获批省级一流专业。2019年药学院党委获批安徽省高校党建工作标杆院系，2020年药学学科获批校级一流学科，生物与医药学科获批校级培育学科，2022年药学学科和生物与医药学科获批安徽省高峰培育学科。2023年5月药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前1%。2024年药理学学科获批安徽省特色学科，制药工程学科获批安徽省“双特色”培育学科，2025年生物医药现代产业学院获批立项省“双特色”现代产业学院。

药学院下设药理学、药物化学、药物分析、药剂学、中医药基础、临床药学、化学、分析检验、药物合成、食品安全、制药工程12个教研室、1个药学实验中心、1个食品与制药工程实验中心，党政办公室、教科研办公室、年级办公室。现有教职工152人，其中专任教师126人，教授19名、副教授31名，高级职称占比39.7%，博士97人，博士占比77%。多位教师分获全国优秀教师、省模范教师、省教学名师、省级教坛新秀、省特支计划人才、省学术技术带头人后备人选及中国药理学会施维雅青年药理学家奖等荣誉称号。近五年，获批安徽省高端人才引育行动项目领军人才特聘教授1人，青年拔尖人才青年学者2人，中青年教师培养行动学科（专业）带头人2人，高校优秀拔尖人才培育项目9项，逐渐形成了一支以优秀学术带头人、中青年学术骨干为核心的高水平学术团队。

承担国家重大新药创制项目1项、国家自然科学基金项目23项、安徽省科技重大专项1项、安徽省重点研究与开发项目1项及其他省部级以上项目共135项；近五年表科研论文367篇，包括2篇science在内的高水平科研论文277篇，授权国家发明专利21项；主、参编教材、专著10余部。

药学院近三年本科生升学率保持在45%以上，平均就业率达到 95%以上，近五年19名硕士研究生读博深造，读博升学率居学校前列，体现了学生对更高层次学术深造的积极追求，也反映出学院在培养学生科研潜力和学术素养方面的成效。

药学院以立德树人为根本任务，以“勘药助医、培智育才”为理念，为办好人民满意的医药学教育而不懈努力。