蚌埠医科大学药学院始建于2000年，2001年开始招收药学专业本科生，2002年获批药理学专业硕士学位授权点，2008年被评为省级药学特色专业建设点，2017年获批药学一级学科硕士学位授权点和药学专业学位授权点。现有药学、药物分析、临床药学3个专业，是安徽省药学专业技术人员继续教育基地和卓越药学专业人才教育培养计划建设项目单位。拥有国家药物临床试验机构I期临床研究室、安徽省生化药物工程技术研究中心、药学博士后岗位，2013年获批安徽省生化药物产业技术创新战略联盟理事长单位。2016年获安徽省教学成果一等奖一项，2018年通过安徽省药学专业综合评估，2019年药学专业获批省级一流专业，2019年药学院党委获批安徽省高校党建工作标杆院系，2020年药学学科获批校级一流学科，2022年药学学科获批安徽省高峰培育学科。2023年5月药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前1%。

药学院下设药理学、药物化学、药物分析、药剂学、中医药基础及临床药学6个教研室、药学实验中心、党政办公室、科教办公室、年级办公室。现有教职工69名，其中专任教师57人，教授、副教授33名，高级职称占比57.9%，博士43人，博士占比75.4%。多位教师分获全国优秀教师、省模范教师、省教学名师、省级教坛新秀、省特支计划人才、省学术技术带头人后备人选及中国药理学会施维雅青年药理学家奖等荣誉称号。

承担科研项目国家重大新药创制项目1项、国家自然科学基金项目15项、安徽省科技重大专项1项、安徽省重点研究与开发项目1项及其他省部级以上项目共74项；近五年发表科研论文176篇，其中SCI/Medline收录 107篇；授权专利8项；主、参编教材、专著10余部。迄今已向社会成功输送药学专业本科毕业学生2505名，硕士研究生232名。

 药学院以立德树人为根本任务，以“勘药助医、培智育才”为理念，为办好人民满意的医药学教育而不懈努力。