药理学教研室始建于1958年，由上海第二医科大学援建，与蚌埠医学院同龄。教研室现有专任教师17人，其中教授4人、副教授4人，取得博士学位5人、硕士学位11人。

药理学于1990年被评为校级重点学科。2000年被国务院批准为药理学硕士学位授权点。迄今共培养出70余名硕士研究。药理学教研室努力营造追求真理、献身科学、潜心研究、严谨治学的学术环境。经过多年来的积淀，特别是进入新世纪以来发展迅猛，药理学已形成了以抗肿瘤药理为主的 “分子生化药理”、以抗缺血再灌性损伤为主 “心脑血管药理”、以神经信号转导为主的“神经药理”和以中药药理研究为主的“中药开发”四大研究方向。近5年来，教研室获批主持国家自然科学基金6项、教育部留学回国人员资助基金、安徽省人事厅人才资助基金、省自然科学基金、省教育厅自然科学基金重点项目、省教育厅自然科研学基金等近20项。拥有powerlab、冷冻高速离心机、冷冻干燥仪、制冰机、纯水仪、流式细胞仪、凝胶成像系统、细胞培养箱、蛋白分离等大型仪器达1000多万元。科研用房面积近2000m2。曾获省教育厅科研成果技进步奖、省药检局科技进步二等奖、优秀科技论文奖多项。发表科研论文100余篇，其中SCI文章40余篇。

教研室教师在教学改革方面一直走在学校的前列，近年来分别获得省级教学成果一等1项、二等奖1项及三等奖1项，校级教学成果特等奖2项、一等奖2项及二等奖1项。